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中国科学院南海海洋所成立于1959年1月，是国立综合性海洋研究机构。2018年3月，获批牵头联合广州能源所和华南植物园等24家研究所筹建中科院南海生态环境工程创新研究院；2018年11月成立三亚中科海洋研究院；2019年6月，联合自然资源部、广州海洋地质调查局等30家单位筹建南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）。现拥有海珠、南沙2个园区；1个国家重点实验室、5个院级重点实验室（中心）、4个省级重点实验室、2个联合开放实验室；7个临海野外台站（含2个国家级试验站）、4艘大型“实验”系列科考船组成的科考船队和一个淡水码头；拥有海洋科学（A+）、环境科学与工程（A+）一级博士学位授予点和博士后流动站。